예배부
예배부는 교회의 예배가 경건하고 원활하게 진행될 수 있도록 예배관련 일체의 업무를 담당하고 있습니다 .

교육부
주일학교, 중고등부 등 어린이와 청소년을 위한 신앙교육 및 성서교회 전반의 교육업무를 담당하고 있습니다.

청년부
성서교회 청년부는 바른 그리스도의 제자, 소망이 넘치는 아름다운 지도자를 양육하는 업무를 담당하고 있습니다.

성가대
성가대는 준비된 찬양을 통해 하나님께서 허락하신 축복과 은혜를 성도님들과 함께 나누는 교회 음악을 담당하고 있습니다.

전도부
전도부는 주님께서 명령하신 복음전파의 사명을 위해 대내외 전도집회 및 행사를 운영/지원하는 업무를 담당하고 있습니다.

재정부
재정부는 성서교회의 모든 수입과 지출을 관리하고 감독하고, 각 부서의 효과적인 목회활동을 돕는 업무를 담당하고 있습니다.

봉사친교부
봉사친교부는 성서교회 가족들의 친교를 도모하고 교회의 각종 행사를 지원하는 업무를 담당하고 있습니다.

서무부
서무부는 성서교회의 원활한 운영을 위해 교회 전반에 걸친 운영 및 기획과 관련된 업무를 담당하고 있습니다.

신자관리부
신자관리부는 새 신자분들께 교회 소개와 교역자들과의 인사 및 교회에 잘 적응하실 수 있도록 돕는 업무를 담당하고 있습니다.

관리부
관리부는 교회의 재물과 비품의 유지관리를 맡아 성도님들께서 불편함 없는 예배를 드리실 수 있도록 하는 업무를 담당하고 있습니다.

도서부
도서부는 성도님들의 믿음생활에 도움이 되는 신앙서적을 공급하고 대여해드리는 업무를 담당하고 있습니다.

정보통신부
정보통신부는 교회의 웹사이트 관리를 비롯한 인터넷 선교 및 홍보와 관련된 업무를 담당하고 있습니다.